1998年，获系统分析与集成二级学科硕士学位点授权

  2000年，获系统理论二级学科硕士学位点授权

  2001年，系统科学研究所正式成立

  2003年，获系统分析与集成二级学科博士学位授予权

  2004年，系统科学一级学科在全国学科评估中排名第一（与北师大并列）

  2005年，获系统科学一级学科博士学位授予权

  2007年，系统分析与集成获批为北京市重点二级学科，并建成一级学科博士后流动站

  2008/2012年，系统科学一级学科在全国学科评估中排名第一

  2016/2020年，系统科学一级学科在全国学科评估中获评A+

  2009年，为支援“轨道交通控制与安全”国家重点实验室的建设，系统科学研究所的部分成员正式转入国重的基础研究室

  2012年，系统科学获批为北京市重点一级学科

  2016年，成立交通系统科学与工程研究院

  2017年，入选国家首批双一流学科建设名单（首轮建设评估获优秀）

  2022年，再次入选国家双一流学科建设名单

  2019、2020、2021、2022年，软科中国最好学科排名中位列第一

  2023年，成立系统科学学院